افضل وقت لتناول البروبيوتيك في أي وقت في اليوم، حيث يفضل على معدة فارغة، وذلك لأن وجود الطعام في المعدة قد يقلل من فعالية البروبيوتيك، لكن يوجد بعض الأشخاص الذين قد يعانون من اضطرابات في المعدة، فيمكنهم تناولها مع الطعام، ليساعد في دعم صحة الجهاز الهضمي وتعزيز جهاز المناعة، وتعزيز نشاط البكتيريا النافعة في الجهاز الهضمي.